На стадії розсади томати часто уражає чорна ніжка. Це небезпечне захворювання, через яке молоді рослини гинуть. Воно проявляється потемнінням і стоншенням стебла біля основи, після чого розсада падає. Якщо це сталося з маленькою рослиною, врятувати її вже не вдасться. Якщо ж уражена більш розвинена розсада, можна спробувати її відновити. Для цього потрібно обрізати стебло вище ураженої ділянки та поставити паросток у воду — він пустить коріння, після чого його можна буде знову висадити в ґрунт.
Щоб запобігти чорній ніжці та іншим хворобам, потрібно контролювати полив, освітлення та температуру. Оптимально підтримувати температуру на рівні 22–25°C. Важливо забезпечити рослинам достатньо світла, встановлюючи лампи або розміщуючи їх на сонячному підвіконні.
Томати також можуть хворіти на хлороз, який виникає через нестачу магнію.
Хлороз магнію проявляється тим, що на листках змінюється колір прожилок: спочатку вони жовтіють, а потім знебарвлюється і сам лист. Якщо жовтіє листова пластина, а прожилки залишаються зеленими, це свідчить про нестачу заліза. Щоб запобігти цим проблемам, варто проводити позакореневі підживлення кожні 20–30 днів. Обприскувати слід так, щоб добриво рівномірно покривало листя дрібними краплями, але не стікало з нього.

Ще однією серйозною проблемою можуть стати кореневі гнилі. Вони виникають через порушення температурного режиму та неправильний полив. Якщо в теплиці або вдома прохолодно, а ґрунт залишається надто вологим, коренева система починає загнивати, що призводить до в’янення й загибелі рослин. Важливо слідкувати за температурою ґрунту, закривати теплицю вночі, щоб уникнути різких перепадів, і не перезволожувати рослини.
Поливати томати слід рідко, але рясно, щоб ґрунт добре просочувався вологою. У теплиці зазвичай достатньо одного поливу на тиждень, а інколи й на два. Деякі городники вирощують томати взагалі без поливу, але це потребує особливих умов.
Дотримання температурного режиму, правильне освітлення, контроль вологості та своєчасне внесення добрив допоможуть уникнути більшості захворювань. Використовувати варто лише перевірені засоби, дотримуючись рекомендованих доз, оскільки як надлишок, так і нестача поживних речовин негативно впливають на ріст і плодоношення.