Основною причиною гнилі плодів є грибкове захворювання — моніліоз, або плодова гниль. Цей грибок заражає рослини навесні під час цвітіння, викликаючи усихання гілок, а вже влітку та восени стає причиною гниття плодів. Яблука темніють, покриваються плямами, обсипаються або залишаються висіти на гілках. На уражених плодах добре видно сірі горбки спороношення гриба, які стають джерелом зараження всього саду. Спори розлітаються на великі відстані, заражаючи дерева як у власному саду, так і в сусідів.
Серед головних причин розвитку захворювання перш за все варто відзначити сортові особливості яблунь. Деякі сорти більш стійкі до моніліозу завдяки щільній шкірці чи особливому хімічному складу плодів. Саме тому дачникам і садівникам важливо звертати увагу на опис сорту та його стійкість до грибкових захворювань під час закладання саду. У регіонах, де плодова гниль — серйозна проблема, варто обирати імунні сорти, які добре протистоять не лише моніліозу, а й іншим хворобам, наприклад парші.
Ще однією поширеною причиною є високий інфекційний фон у саду. Якщо протягом багатьох років у садах довкола поширюються грибкові захворювання, кількість спор у повітрі та ґрунті зростає настільки, що уникнути зараження майже неможливо. Саме тому садівникам важливо регулярно знижувати інфекційне навантаження. Для цього потрібно своєчасно видаляти уражені плоди з дерева і з землі під кроною. З року в рік така санітарна обрізка та прибирання дозволяють поступово зменшити джерело інфекції.

Уражені плоди можна закопувати на овочевих грядках — грибок монілії не передається овочам. Щоб прискорити розкладання та знищити інфекцію, гнилі плоди рекомендується обробити триходермою або посипати золою чи гашеним вапном, а потім закрити землею. Це допоможе не лише позбутися хвороби, а й підживити ґрунт.
Для тих, кому важко носити важкі відра з гниллю, існує альтернатива — використання триходерми. Її можна легко виростити з готової закваски, отримавши доступний і ефективний біопрепарат для боротьби з моніліозом. Триходерма активно знищує грибок і дозволяє захистити сад від захворювання.
Важливою причиною поширення моніліозу є пошкодження плодів шкідниками, зокрема плодожеркою. Її личинки прогризають яблука, відкриваючи шлях для проникнення інфекції. Для боротьби з плодожеркою добре зарекомендували себе біологічні препарати, наприклад біохіт або лепідоцид, які містять корисні бактерії та гриби. Вони забезпечують комплексний захист дерев.
Крім плодожерки, плоди ушкоджують оси та інші комахи. Вони прогризають шкірку, що також сприяє розвитку хвороби. Захиститися від ос допомагають прості пастки — пластикові пляшки з компотом, медом або пивом. Комахи злітаються на солодкий запах і потрапляють у пастку, що знижує їхню чисельність і зменшує ризик пошкодження врожаю.
Окрему небезпеку становлять птахи. Вони дзьобають плоди, залишаючи ранки, через які проникає інфекція. Відлякати птахів складно — навіть відлякувачі та блискучі предмети не завжди допомагають, особливо під час голоду. Частково вирішити проблему можуть захисні сітки на яблунях, хоча встановити їх на великі дерева буває непросто.
Ще одним фактором поширення моніліозу є дрібні мушки — дрозофіли та звичайні мухи. Вони сідають на гнилі плоди, а потім переносять інфекцію на здорові яблука. У боротьбі з ними допомагають ті ж самі пастки, що й проти ос. Додатково ефективною є обробка ґрунту під деревами біопрепаратами — боверія та метаризіум. Ці корисні гриби можна виростити самостійно з заквасок і використовувати для знищення шкідливих комах. Вони не лише зменшують популяцію мух, а й самі поширюються садом, захищаючи плоди.